1. 實際運行鍋爐系統參數與設計值偏差太大，出現效率降低、結垢堵塞、無法滿負荷運行。
2. 脫硫塔入口煙道設計不合理，脫硫塔入口出流場分布不均，周邊出現漩渦回流，導致脫硫塔入口積灰。特別是當入口煙氣粉塵濃度較高時，可產生嚴重的積灰問題，直接影響脫硫系統的運行可靠性和效率。
3. 由于漿液里的有機物及微細粉塵富集，脫硫塔冒泡嚴重。
4. 脫硫廢水處理難以達標，部分業主干脆取消了脫硫廢水處理系統，或者即使建設了也未運行。
5. 脫硫石膏產生堆積如山，未能得到有效的利用，存在造成二次污染的危險。一些干法、半干法脫硫系統的副產物摻入爐渣、鋼渣中作建材用，為建筑安全帶來隱患。
6. 高硫煤及煤矸石的燃燒，產生的二氧化硫濃度高達6000-15000㎎/m3，無論采用_方法，代價都是非常高昂的，給脫硫行業帶來新的挑戰。
7. 氣溶膠問題。目前除石灰石-石膏法外，另一種應用較多的是氨法。氨法適合用二氧化硫濃度高、不含粉塵的燃氣或化工業，一般要求二氧化硫濃度高于5000㎎/m3、粉塵低于30㎎/m3。但在燃煤鍋爐、燒結機脫硫中，目前仍面臨很多問題。
8. 部分業主采取低價中標的原則，煙氣脫硫脫銷公司之間惡意競爭，導致脫硫系統設備質量、施工質量變差，進而影響脫硫工程的長周期穩定運行性和可用率。
